清晨醒来,她总会收到一束苍空凛送给她的栀子花。然后,苍空凛牵着她的手,带着她在山林里到处游荡。到了晚上,他们回到小溪边,在漫天星斗下,听着潺潺的溪水声,数着在草地上飞舞的萤火虫慢慢地进入梦乡……

那是春果在儿时的一次奇妙的经历,六岁那年她在茂山迷路,邂逅了住在山顶的神奇少年苍空凛,他们度过了一段愉快的时光,两人在樟树“小诺”下许下约定,每年夏天都要在茂山重见。然而自此,苍空凛就像一个梦一般消失了,再也没有出现过……

十年之后,茂山变成了市里的开发区。只剩下山顶一小块当年被苍空凛取名“萤火森林”的树林。而此时苍空凛回到了春果的生活中,转学到了春果所在的萤火中学,共同为保护“萤火森林”并肩战斗。

在两人相处的过程中,春果遇见了有些怪异的生物社黑崎亮学长,也渐渐地感觉到苍空凛给自己的感觉越来越奇怪。而学校里也接连地出现了生物社动物暴乱、“后进生占据前一百名”、鼹鼠破坏学校操场等怪事。“萤火森林”遇到了空前的毁灭危机,这个夏天注定不会平静！“萤火森林”和春果、苍空凛的未来将会如何？请拭目以待……