小说的主人公是一位自称名叫田村卡夫卡——作者始终未交代其真名——的少年。他在十五岁生日前夜独自离家出走,乘坐夜行长途巴士远赴四国。出走的原因是为了逃避父亲所作的比俄底浦斯王还要可怕的预言：尔将弑父,将与尔母、尔姐交合。卡夫卡四岁时,母亲突然失踪,带走了比卡夫卡年长四岁、其实是田村家养女的姐姐,不知何故却将亲生儿子抛弃。他从未见过母亲的照片,甚至连名字也不知道。仿佛是运命在冥冥之中引导,他偶然来到某私立图书馆,遂栖身于此。馆长佐伯女士是位四十多岁气质高雅的美妇,有着波澜曲折的神秘身世。卡夫卡疑心她是自己的生母,佐伯却对此不置可否。卡夫卡恋上了佐伯,并与之发生肉体关系。小说还另设一条副线,副线的主角是老人中田,他在二战期间读小学时,经历过一次神秘的昏迷事件,从此丧失了记忆,将学过的知识完全忘记,甚至不会认字计数,却获得了与猫对话的神秘能力。中田在神智失控的情况下杀死了一个自称焦尼·沃卡（Johnny Walker）、打扮得酷似那著名威士忌酒商标上所画的英国绅士的狂人,一路搭车也来到此地。小说共分49章,奇数章基本上用写实手法讲述卡夫卡的故事,偶数章则用魔幻手法展现中田的奇遇。两种手法交互使用,编织出极富强烈虚构色彩的、奇幻诡诘的现代寓言。佐伯是将这两个故事联结为一体的结合点,而弑父的预言似乎最终也未能避免,因为狂人焦尼·沃卡居然是卡夫卡生父乔装改扮的,真正的凶手也并非中田……